PHOTO: Mata Hari en 1910.

Accusée d'espionnage au profit de l'Allemagne dans le cadre d'une enquête sommaire, Mata Hari passe du statut d'idole à celui de coupable idéale dans une France traumatisée par la guerre et dont l'armée vient de connaître d'importantes mutineries après l'échec de la bataille du Chemin des Dames. Son avocat et ancien amant Édouard Clunet n'a le droit d'assister qu'aux premiers et derniers interrogatoires. L'instruction est assurée par le capitaine Pierre Bouchardon, rapporteur au troisième conseil de guerre. À ce titre, il instruira toutes les grandes affaires d'espionnage du premier conflit mondial. Son procès, dont le substitut du procureur est André Mornet, ne dure que trois jours sans apporter de nouveaux éléments. Elle est même, lors du procès, abandonnée par son amant Vadim Maslov qui la qualifie tout simplement « d'aventurière ». Elle est condamnée à mort pour intelligence avec l'ennemi en temps de guerre sur réquisitoire de l'avocat général Mornet et sa grâce rejetée par le président Raymond Poincaré, qui laisse la justice suivre son cours. Son exécution a lieu le 15 octobre 1917 par fusillade, au polygone de tir de Vincennes. Peu de temps avant son exécution, bien que n'étant pas croyante, elle a de nombreux entretiens avec le pasteur Jules Arboux qui était aumônier des prisons et qui l'accompagne jusqu'à ses derniers instants. Son médecin, le docteur Léon Bizard, relate les faits dans son livre "Souvenirs d'un médecin de la préfecture de police et des prisons de Paris (1914-1918)": coiffée d'un grand canotier et vêtue d'une robe élégante garnie de fourrures, avec un manteau jeté sur les épaules, elle refuse d'être attachée au poteau et le bandeau qu'on lui propose. Elle aurait lancé un dernier baiser aux soldats de son peloton d'exécution 723, formé de douze zouaves. Alors que les soldats la mettent en joue, Mata Hari s'écrie : « Quelle étrange coutume des Français que d'exécuter les gens à l'aube ! ».

« Tandis qu'un officier donne lecture du jugement, la danseuse, qui a refusé de se laisser bander les yeux, très crâne, se place d'elle-même contre le poteau, une corde, qui n'est même pas nouée, passée autour de la ceinture… Le peloton d'exécution, composé de douze chasseurs à pied, quatre soldats, quatre caporaux, quatre sous-officiers, est à dix mètres d'elle… Mata Hari sourit encore à sœur Léonide agenouillée et fait un geste d'adieu. L'officier commandant lève son sabre : un bruit sec, suivi du coup de grâce moins éclatant et la Danseuse rouge s'écroule tête en avant, masse inerte qui dégoutte de sang… »

— Léon Clément Bizard.

Sa famille ne réclame pas le corps, qui est confié à la faculté de médecine de Paris : deux professeurs dissèquent la morte, déterminant que la balle mortelle a traversé le cœur de part en part alors qu'une autre balle, celle du coup de grâce, l'a défigurée. Durant cette autopsie, on vole plusieurs de ses organes comme souvenirs, comme reliques. 

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Entre les deux grandes guerres, un livre lui est consacré presque chaque année. Dès la fin de la guerre, l'Allemagne la présente d'abord comme une innocente victime, n'ayant jamais collaboré avec les services de renseignements allemands. Mais en 1931, dans un important ouvrage collectif L'Espionnage pendant la guerre mondiale auquel ont notamment collaboré des historiens, des officiers et des anciens agents des services secrets, il est fait mention que « Mata Hari a fait de grandes choses pour l'Allemagne ; elle fut le courrier pour nos informateurs installés à l'étranger ou en pays ennemis… Mata Hari était parfaitement au courant des choses militaires, puisqu'elle avait été formée dans l'une de nos meilleures écoles d'information… Elle était un agent de marque. » En 1937, « Mademoiselle Docteur », Fräulein Schragmüller, qui dirigeait le centre d'espionnage allemand, à Anvers, publie ses mémoires. Elle y révèle à propos de Mata Hari : « Pas une des nouvelles qu'elle a envoyées n'était utilisable, et ses informations n'ont eu pour nous aucun intérêt politique et militaire. » Elle reconnaîtra cependant : « La condamnation était méritée et conforme à l'esprit du code militaire. » L'historien Alain Decaux témoignera lors d'une de ses recherches sur Mata Hari avoir interrogé le procureur Mornet sur l'enjeu réel que présentait le cas de cette espionne. Celui-ci répondait « qu'on n'avait finalement pas grand-chose à lui reprocher » mais que son cas était évoqué « sous le feu de la presse dans un contexte politique tel » que la raison d'État ne pouvait que l'emporter. Selon le journaliste Russel Warren Howe (en), Mata Hari fut une « cocotte » naïve et vénale manipulée par les services secrets. Le chef des services du contre-espionnage français Georges Ladoux avait engagé de tels frais qu'il n'aurait jamais voulu avouer qu'il avait avancé de telles sommes pour une simple courtisane. De plus, les services secrets français ne pouvaient révéler tout de l'affaire Mata Hari car cela aurait montré qu'ils avaient percé les codes de chiffrement allemand. Depuis 1996, le musée Frison (en) de sa ville natale Leeuwarden présente une exposition permanente de sa vie dans une salle qui lui est entièrement consacrée. Le 19 octobre 2001, grâce aux travaux de Léon Schirmann qui épluche les archives françaises, allemandes et hollandaises depuis 1992, la fondation néerlandaise Mata Hari et la ville natale de la danseuse, Leeuwarden, engagent l'avocat Thibault de Montbrial pour déposer une requête en révision du procès de Mata Hari auprès de Marylise Lebranchu, ministre de la Justice, seule habilitée à donner suite à la requête puisqu'elle n'émane pas des descendants de la condamnée. La demande est rejetée. En 2003, Philippe Collas, arrière petit-fils de Pierre Bouchardon, écrit la première biographie exhaustive, ayant eu accès à tous les documents du dossier secret et aux archives personnelles de son arrière grand-père. fin 

  Mata Hari le jour de son arrestation en 1940